La actividad docente depende específicamente del Jefe de estudios  de cada Sección, es decir, en Educación Primaria está coordinada por el jefe de estudios  de Primaria, y en Secundaria y Bachillerato, por el jefe de estudios de Secundaria y Bachillerato. Para realizar su misión se apoya en la figura de los Encargados de Curso.

Cada curso tiene asignado un Profesor Encargado de Curso, que coordina al equipo de profesores de ese curso, orienta semanalmente en la Tutoría a los alumnos en aspectos académicos y educativos no específicos de una asignatura. Se ocupa, en especial, del trabajo y estudio diarios de los alumnos, como base de su preparación profesional y de su maduración personal. Otras de sus funciones son dirigir las sesiones mensuales del Consejo de Curso, resolver los problemas de disciplina y estar en contacto con los tutores personales y las familias de sus alumnos.

Los profesores imparten su asignatura y ejercen una orientación académica específica de su asignatura con los alumnos y con los padres. Todos los profesores del Colegio están integrados en Secciones y Departamentos. Las reuniones de la Junta de Sección dirigidas por el Subdirector y por los Encargados de curso, sirven para coordinar y unificar las líneas educativas y académicas de un curso. Las reuniones de los Departamentos tienen el cometido de coordinar la didáctica de sus respectivas materias, adecuándolas a las diferentes edades. Esto les permite llevar a cabo una labor de investigación y constante promoción de sus especialidades.

Dentro de los objetivos educativos del Colegio cobran especial relevancia: el Programa de Potenciación de Aprendizajes, que da continuidad a la labor de las Escuelas Infantiles de Ayalde y Umedi; el Proyecto de Trilingüismo (que ha sido reconocido como Proyecto de Innovación Singular por el Gobierno Vasco) y cuyo fin es potenciar la adquisición de tres lenguas -castellano, euskara e inglés- bajo un sistema de inmersión; la aplicación y utilización en la actividad docente diaria de las Nuevas Tecnologías Informáticas; el Proyecto Zero, de aprendizaje significativo.